Encontra-se publicado no site da Inspeção Geral da Educação e Ciência (IGEC) o Relatório Final da Avaliação Externa do Agrupamento de Escolas de Mortágua, realizada entre 13 e 15 de Março de 2013.
O Agrupamento de Escolas de Mortágua obteve a melhor classificação (Muito Bom nos três domínios de Avaliação) entre os agrupamentos da região centro que foram submetidos à avaliação externa do ano 2012-2013.